为全面加强湿地保护工作，日前，肃南县成立了湿地保护管理机构，标志着肃南县湿地保护工作进入了正规化渠道。

根据《甘肃省湿地保护条例》、《甘肃省湿地保护工程规划》（2005-2030）、《张掖市湿地保护与恢复工程规划》（2005-2030）和《张掖市黑河流域湿地管理办法（暂行）》要求，肃南县已于2006年成立了由政府分管副县长为组长的湿地管理工作领导小组，在林业局下设领导小组办公室，由林业局副局长兼任办公室主任，具体负责肃南县境内湿地管理日常工作。2008年8月经县委常委会讨论，同意设立“肃南裕固族自治县湿地保护管理局”，肃南裕固族自治县机构编制委员会《关于设立肃南县湿地保护管理局的批复》（肃机编委［2008］18号）通知精神，为副科级建制事业单位，核定事业编制5人，隶属县林业局管理。设局长1名（兼职），专职副局长1名。