在土壤侵蚀地区，导致河流、水库退化的驱动力主要有修路、开矿、樵采、河岸放牧、化肥与农药的面源污染、工业废水与生活污水的点源污染及过度捕鱼等，对这些驱动力所导致的河流、水库生态系统进行生态修复，最重要的是要减轻或解除其退化的驱动力，让河流、水库休养生息。此外，还可采取如下两种方法：一是减少河流人工直线化的程度，增加河流弯曲度，以增加河流生境的多样性，进而增加水生生物多样性；二是在河流两岸种植生物隔离带，一方面防治面源污染，另一方面为河流水生生物增加营养源。