1、农业开发导致天然湿地萎缩。

察布查尔县是一个以农业为主的县边境贫困县。自清代中叶开始较大规模地开发伊犁河流域以来，察布查尔县就是一个主要的开发区。随着农业开发的深入，农耕地数量急剧加大，1986年农耕地为2.33×10⁴hm²,至2006年全县农耕地增至2.92×10⁴hm²。农耕地主要集中于伊犁河南岸的河流阶地及各支流的两岸区域。由于滩地不断地被开垦，天然湿地逐渐萎缩，河岸带植被遭受破坏，天然河滩转化为农田，湿地系统破碎化日趋加剧。同时，由于察布查尔县群众有游耕的习惯，对荒滩天然植被破坏更为严重。天然湿地不断地片断化，湿地的补充地下水、蓄水及动物栖息地功能不断退化，湿地生物多样性不断减少，湿地景观效果亦随之恶化。

2、 工农业污染加剧伊犁河水质恶化。

随着州直经济社会的发展，工农业生产逐渐集约化，农业生产中农药、化肥施用量不断加大。仅2006年察布查尔全县施用化肥折纯量就达0.4678×10⁴ T，农药实物量达5.4678×10⁴T，而这里的农作物又以水稻为主，农田排水中多残留有农药与化肥，这些残留农药与化肥都流入伊犁河，污染物极为严重。

3、河谷次生林面积缩减，林分质量下降，生物多样性降低。

由于多年的农业垦植、放牧及樵采，察布查尔湿地的天然河谷次生林面积不断减少，河谷林由密林变为疏林，由疏林转为灌木林，再由灌木林转化为草地，林分质量不断降低，林内生物多样性急剧降低，部分野生动物栖息环境遭受破坏，野生动物踪迹消失。

4、过度放牧使湿地生产力下降，以鸟类为主的湿地野生动物生境日渐破坏。

察布查尔县冬季草场主要集中于河谷地带和伊犁河干流的河谷林与荒滩地中，草场面积小，生物生产量低，2006全县牲畜总量为43×10⁴头，由于牲畜数量不断扩大，草场长期处于过牧状态，一些湿地草场长期得不到休养生息，植物群落种类逐渐趋于单一，结构简单，生物生产力不断降低，致使鸟类生存条件丧失。

鉴于以上原因，建议国家及自治区尽快对伊犁河流域察布查尔湿地管护区建设项目立项实施，以确保察布查尔湿地生态效益、社会效益得以充分发挥。