2014年12月23日，安徽花亭湖国家湿地公园管理局在对湿地鸟类监测过程中，首次发现一批国家二级保护野生动物鸳鸯群，总量约50只左右。

近几年，随着花亭湖国家湿地公园的保护力度不断加大，湿地生态环境得到进一步改善，广大公众认识湿地，热爱湿地，保护野生动物的意识也得到了提高，大批候鸟经此迁徒或在此栖息越冬。经监测发现的罕见鸟类品种主要有：国家二级保护野生动物小天鹅、省二级保护野生动物赤麻鸭以及反嘴鹬、尖嘴鹬、白腰草鹬、红嘴鸥等。