建立自然保护区能够减少人类活动对湿地的干扰和破坏，是保护湿地及其赖以生存的野生动植物的基本手段。中国从 20 世纪 70 年代开始建立湿地自然保护区，截至 2004 年底，中国已建立湿地自然保护区 353 处，面积达 1600 万 hm2，使我国 44% 的天然湿地和 33 种国家重点保护水禽在保护区内得到了较好保护。这些自然保护区的建立抢救性地保护了一批濒危野生动物的栖息地，在维护湿地生物多样性和湿地资源方面起到了显著的效果。 《全国湿地保护工程规划》提出的总体目标是到 2030 年，使全国湿地保护区达到 713 个，国际重要湿地达到 80 个（印红，2005） 。