本着"统一规划，突出重点"和"有所为，有所不为"的原则，在"十五"期间，应重点就海水养殖优良品种选育和苗种繁育领域中的一些重要的生物学问题，包括海水养殖新品种培育、养殖品种生殖发育和生长调控、海洋天然产物生源材料的大规模培养等10项重要技术进行研究。在这10项技术中又以海水养殖新品种培育、海洋天然产物生源材料的大规模培养技术为重中之重点。

　　2.海水规模化健康养殖关键技术

　　在近海深水水域进行养殖，近岸浅海水域进行增殖。大力发展深水养殖技术，将现在近岸养殖外移到深水水域，高效利用海洋天然饵料资源；促进我国养殖器材加工工艺和技术的发展；恢复近岸水域的生态环境，进行增殖，促进抗风浪网箱、筏式养殖技术的发展。开发新的饲料蛋白源(比如单细胞蛋白，植物蛋白质改质等)和研究植物蛋白的有效利用。加强养殖系统生态学研究，根据鱼虾贝藻各种经济生物的生物学特性，置于同一个养殖生态系中，综合地、多层次、反复利用养殖中输入的物质和能量，达到养殖生态系统结构与功能的优化。

　　3.海洋生物资源的安全保障技术

　　逐步开展区域性的海洋渔业水域环境保护的研究，提出以点带线，以线带面的环境治理计划；建立一系列灵敏的病原检测手段、宿主健康生理检验技术和关键性生态环境因子监测技术；开展病害防治疫苗及新型药物的药理学和临床试验研究；研究病害的宏观生态控制和综合防治技术；健全病害预警预报与防疫体系的信息服务网络和技术服务系统。

　　4.海洋渔业资源可持续开发及增殖技术

　　定期进行我国专属经济区生物资源评估调查，研究渔业资源的补充机制及动态变化规律，评估主要生物资源最低生物学可接受生物量、总允许可捕量，为我国专属经济区海洋生物资源持续利用和管理以及国际共享资源的利用和管理提供科学依据。

　　5.远洋渔业资源开发装备和重大技术研究

　　"十五"期间，针对我国创汇渔业进行资源、渔场和渔场形成条件进行调查。开展新型3000马力～5000马力拖网加工船、1000马力～1500马力鱿鱼钓金枪鱼钓船和1000吨级金枪鱼围网船设计和建造，更新陈旧过时的远洋作业船只。进行新型拖网设计。突破金枪鱼延绳钓有效下钩深度300米～400米作业技术。

　　6.海洋生物资源的精深利用与水产品安全质量保证技术

　　以水产品保鲜、保活，低值水产品加工废弃物的精深加工增值为重点，加强水产品加工、贮藏、运输中的活体组织与生物化学变化等应用基础研究；搞好水产品和水产加工废弃物的精深加工和综合利用；大力发展海洋药物和生物活性物质的提取、分离、纯化技术和海洋功能食品、化妆品及其他高附加值精细海洋化学品的研究和开发。