新疆是一个干旱、半干旱区，生态环境十分脆弱。塔里木河流域综合治理一期工程前，由于塔河上游水资源的无序过度开发，造成塔河下游断流，大片荒漠植被枯死，绿洲生态环境急剧恶化。

  近年来，新疆明确提出“环保优先、生态立区”的科学发展理念，坚持资源开发和生态环境发展“两个可持续”总方针。对水源涵养区、饮用水保护区、沙化土地禁封区、风景名胜区、自然生态良好区等生态环境敏感区实行最严格的环保措施，禁止一切资源勘探和开发。

  新疆在加强塔里木河干流、哈密东天山等保护区建设和管理的同时，构筑由阿尔泰山地森林、天山草原森林和帕米尔高原—昆仑山—阿尔金山荒漠草原三大生态屏障以及环塔里木盆地、准噶尔盆地边缘绿洲区组成的“三屏两环”生态安全战略格局。

  新疆以水资源合理开发和配置为龙头，加大生态环境修复与保护力度，加大重大生态保护工程建设力度，加大环保行政管理工作力度，促进绿洲生态系统和荒漠生态系统、高山生态系统的和谐共生，促进人与环境和谐相处，促进资源开发、经济社会发展、生态环境协调、可持续发展。