位于黄浦江上游的淞浦大桥水源地是上海市最大的饮用水水源地，向中心城区及闵行、松江、奉贤、金山等郊区供水，其水质主要受上游三条支流影响。长江口陈行水源地向上海市北部城区供水，水质也受到长江口咸潮入侵等影响。

对于上海水源地现存的问题，九三学社上海市委提出，原有的水源地保护条例已不能满足水源地保护的要求，建议在现有《上海市黄浦江上游水源地保护条例》基础上，将其修改为《上海市饮用水水源地保护条例》。

条例可以覆盖黄浦江、长江、长江口所有水源地，制定分级保护目标和具体要求并设置标志，加大违法处罚力度。

此外，提案还建议，市人大可将其列入明年立法计划，以推进上海市水源地保护立法进程。九三学社上海市委在提案中提出，水源地立法应当明确经济补偿原则，建议市级和区级两级政府以年度预算、转移支付方式补贴给相关乡镇，并保证资金使用落实到具体保护项目的建设和受影响人员。例如，对于开展绿色农业种植、农牧业废弃物处理资源化利用等环境友好农业技术的企业和经营户实施经济奖励。

同时，提案认为应当积极探索生态补偿标准，如具体规定每减少及1吨或1公斤氮、磷等污染物的经济补偿标准。

而对于淀山湖地区的治理工作，提案具体提出补贴的方式：每年由政府放养鱼苗，在非禁渔期间允许持有捕捞证的渔民和养殖户下湖捕鱼。对淀山湖周边保留的精养鱼塘，可以探索建立鱼塘肥水和淤泥农田循环利用的生态链，禁止鱼塘换水直排河道。