由于湿地开荒和围垦，湿地面积大幅度减少，使流域内湿地对河川径流的调节功能削弱与丧失。据统计，仅36 年间湖泊围垦丧失的调蓄容量就达350 亿m3，其中洞庭湖为96.5亿m3，鄱阳湖为45 亿m3。

由于河流上游森林遭到砍伐和破坏，河流含沙量增加，湿地淤积严重。据估算，长江流域40 年来累计淤积泥沙50 万亿m3，其中洞庭湖43 亿m3，鄱阳湖4 亿m3，长江中下游河道3 亿m3。黄河下流累计淤积泥沙80 多亿m3。泥沙淤积也是导致湿地退化和洪水泛滥的重要原因。

东北地区嫩江下游及嫩江与松花江汇合处以北湿地广布，原有湿地面积约201.9 万hm2，按每公顷储水1800m3 计，可储水约36.34 亿m3，若加上湖泊平水期蓄水量47 亿m3，蓄水总量可达83.34 亿m3，相当于嫩江年径流量的39.4%，对削减洪峰起到重要作用。但由于连年开垦，沼泽与沼泽化湿地减少到82.41 万hm2，加上沿江筑堤束水行洪，切断了江河与湿地的水力联系，迫使洪水在受限的过水断面向下游推进，这就是1998 年嫩江流域特大洪水灾害的主要原因之一（刘兴土等，2001）。