本次生态评价工作从多个评价指标对漳江口红树林保护区进行综合评价，包括对区内濒危物种种群数量变化率、濒危物种栖息地变化率、湿地面积变化率、植被覆盖变化率、物种多度变化率、水鸟数量变化率、濒危物种数量变化率、植物入侵率、土地（水域）利用方式面积变化率等评价指标体系的各个方面，分别进行了评价。

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漳江口红树林保护区对此次评价活动给予高度重视。此次活动不仅是国家林业局对漳江口的检查；也是漳江口自身查漏补缺，进行本底调查活动的重要依据。国家林业局中南院专家对漳江口湿地保护工作给予充分肯定和高度赞扬。在肯定的同时，也针对漳江口实际存在的问题提出了宝贵意见；对漳江口的未来发展提出了建设性建议。