某些湿地具有减缓水流，促进沉积物沉降的自然特性。通常营养物与沉积物结合在一起，因此与沉积物同时沉降。营养物来源广泛，通常是由径流带来的农用肥、人类废弃物和工业排放物。

营养物随沉积物沉降之后，通过湿地植物吸收，经化学和生物学过程转换而被储存起来。不能保证湿地植物吸收的营养物就可以从水中排除，因为营养物可能随植物的腐烂而再次释放到水中。然而，从湿地收获生物量，如：收割禾本科草类和莎草类（sedges）用于盖房子和养鱼，这意味着营养物质以有用的形式从该系统中排除出去。无机磷和氮是通过湿地的化学过程被排除，储存或转移的最重要的营养物质。

硝酸盐化合物被反硝化过程所排除。在这个过程中，生活在缺氧湿地土壤中的细菌把硝酸化合物转变成为氮气分子（N2），释放于大气中。硝酸盐可附着在湿地矿质土壤的无机离子上。然而，当土壤磷酸盐饱和时，实际上可释放磷。另外，在营养物如磷酸盐减少的情况下（在缺氧的地方），营养物实际会被释放到上层水而向湿地外输出。许多湿地在转移和排除营养物方面要比陆地生境的效率高。

例：由于沼泽能有效地排除水流中的营养物，所以很多天然湿地被用来处理废水。在美国佛罗里达州，人们发现废水在进入地下水之前流经一片柏树沼泽地（cypress swamps）后，几乎98％的氮和97％的磷被净化排除了。这个过程如此有效，以致于在世界许多地方人们建立人工湿地来净化水源。这些自然系统在建造、操作和维护方面比常规的人工系统更为便宜。

来源：Maltby, E. 1986

营养物的排除过程可保持水质，有益于下游地区的社区和发展。过量的营养会导致湖水富营养化，在这一过程中，过量的营养物刺激植物生长过快（包括肉眼看见的或看不见的），这也会造成麻烦。例如水生飘浮植物──水湖莲（Eichhormie crassipes）的大量繁殖导致水质下降，并减少溶解氧，造成鱼类死亡；其它影响包括，兰绿藻（Blue green algae）的过量繁殖会产生某些毒素，使生活用水的成本增加。

例：印度卡尔库塔市（Calcutta）没有一座污水处理厂，该城所有的生活污水都被排入东郊的一个经过改造的湿地复合体中。这些污水被用来养鱼，鱼产量每年每公顷可达2.4吨；也可用来灌溉稻田，每公顷年产水稻2吨左右。另外，还在倾倒固体垃圾的地方种植蔬菜，并用这些污水来浇灌。大量的营养物以食物形式从污水中排除出去。卡尔库塔城东的湿地成为一个如此低费用处理生活污水并能同时获得食物的世界性典范。现在这个湿地却面临着日益膨胀的卡尔库塔市的威胁，该市在未来的污水处理上存在着非常严重的问题。

来源：Ghosh,D. & Sen S. 1987