GEF中国湿地保护体系项目是我国实施的首个生物多样性保护规划型项目，在项目管理方面做了很多成功的尝试，积累了许多有益的经验。

• 成立GEF中国湿地保护体系规划型项目指导委员会。由国家林业和草原局主管副局长任指导委员会主任，财政部国际财金合作司、国家林草局国际合作司、湿地管理司、调查规划设计院，各项目省区林业局和林管局以及联合国开发计划署（UNDP）和联合国粮食与农业组织（FAO）为成员单位。建立了项目指导委员会年度会议制度，旨在审查各个项目的年度执行进展，找出存在的问题，并就重大事项进行决策，把握规划型项目的战略方向，确保各子项目能够同时支持政府的相关战略、满足地方保护地的技术需求。这种管理模式成为规划型项目成功的根本保障。
• 直接为国家湿地保护体系建设的政策与实践服务。国家和地方湿地主管部门直接参与和指导项目各项活动，将各级湿地保护政策需求纳入到项目活动之中，使项目成果直接贡献于国家湿地保护政策与工程实践之中，确保本项目能够直接为国家和各地方湿地保护管理的重点战略和优先任务服务。
• 全国湿地保护工作座谈会探索建立中央、各省区和各项目点的项目管理纵向协调机制。上下联动，确保项目点层面的探索实践可以提升到省级和国家层面，而国家与省级层面的政策措施可以在项目点及时落地。
• 探索建立项目间横向沟通协调机制。各项目之间互访互学成为常态，确保项目实施经验及时有效交流。中央项目采用多种形式积极沟通交流项目实施中的问题和经验，为规划型项目的管理工作树立了好榜样，例如中央项目牵头组织一系列跨项目的活动，包括召开国际研讨会、编制项目成果系列丛书、组织培训、开展网络视频讨论等，并就项目的11个交叉领域进行专题研讨，确保全体项目管理人员思想高度统一，实现项目资源的优化配置，项目产出和影响的最大化。
• 建立项目间专家资源共享机制。在项目实施过程中，建立有效机制，促进承担同类任务的国内外专家分享成果和经验，节约了实施成本，提高了项目成效。同时，这些专家也起到了项目间沟通、交流和联系的“纽带”作用。
• 跨省区合作提升了湿地保护管理水平。大兴安岭项目是规划型项目中唯一一个跨两省区的项目，GEF大兴安岭项目于2016年推动成立了大兴安岭生物多样性保护委员会，制定并完善了跨界合作的工作机制，推进跨省区湿地保护协作，并开展了两省区湿地联合调查、监测、执法与培训等工作，为国内跨行政区的湿地保护管理提供了良好示范。